1987年的晚些时候，阿富汗的形势发生了逆转。大量的FIM-92A“毒刺”导弹被送到圣战者手中，这使得苏军的空中力量处境艰难，他们不得不命令飞行员在高空飞行，要么就在晚上行动。由于大量的飞机被“毒刺”击落，苏联人现在既不能有效地控制阿富汗的乡村地区，也不能保证向阿富汗-巴基斯坦边界的据点持续空运物资。不仅如此，在阿富汗空军中还涌动着不安的暗流，一系列的叛乱接踵而至，目标直指阿富汗政府。1987年10月3日，两架阿富汗空军的米-4飞到了巴基斯坦，降落在奇哈尔附近地区，尽管后来两架直升机被送回阿富汗，但是机组成员受到了政治庇护。此后不久，又发生了一架阿空军的苏-22企图轰炸喀布尔阿总统府的事件。尽管在1987年8月，为了加强第120航空团的实力，第168航空团的米格-23MLD截击机进驻了巴格拉姆空军基地，但这个调动被认为还不足以防止以后再发生类似的攻击事件，苏联空军不得不将一个中队的米格-29也调至该基地，这个中队的唯一任务就是保卫喀布尔。这个预防措施很快就证明了它存在的必要性，就在米格-29抵达阿富汗几个星期以后，四名阿富汗飞行员驾驶他们的苏-22战斗轰炸机试图轰炸阿富汗总统的住所，但他们遭到了拦截，在几分钟之内就被全部击落。1987年底，圣战者们开始围攻克霍斯特，于是苏联空军将装备图-22M-3的第185轰炸机团调至土库曼斯坦苏维埃共和国的玛莉-2空军基地，这个团以小分队的形式展开了一系列的攻击，每次行动都向抵抗运动的阵地投下200吨炸弹，他们甚至动用了重3000公斤的FAB-3000重镑炸弹。由于轰炸行动靠近巴基斯坦边界，原驻在欧泽诺尔的第341电子战轰炸机团的四架图-22PD也调至了玛莉-2空军基地，这些飞机装备了强有力的电子干扰设备，这些设备实践证明是桌有成效的，当图-22执行轰炸任务的时候，巴基斯坦的截击机一次也没有发现并接近他们。

到了1988年春天，阿富汗的局势没有发生太大的变化：克霍斯特仍处于包围中，但是抵抗运动也没有能力将它攻陷，苏军的轰炸在持续——并不频繁，但每一次都很猛烈，这样的情况一直持续到苏联人开始撤军为止。最先撤离的是驻扎在巴里考特地区的部队——于1988年4月23日——撤向贾拉拉巴德，苏联人希望撤军能够井然有序，在平静的环境中进行。但是事与愿违，圣战者开始向贾拉拉巴德发起一系列的猛攻，造成了重大的伤亡。5月间，苏联人开始从阿富汗南部和西南部撤出部队，但不是直接撤走，撤出的部队有很大一部分投入到了贾济地区的新战斗中，在那里活跃着很大一支抵抗运动的部队。6月24日，一小队抵抗运动的战士组织了一次完美的对喀布尔机场的袭击，摧毁了8架苏-25，在接下来的几天里，巴格拉姆空军基地开始受到经常性的火箭袭击。尽管如此，苏联人还是展开了对喀布尔政权的大规模援助，在接下来的几个月里，数百吨

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